Dödsoffren ska i flera fall ha hittats flera kilometer från den plats där de försvann.
Enligt Juan Ignacio Arroyo Verástegui, befäl vid den lokala räddningstjänsten, kan avskogning och en brand som orsakade stora skador på skogen i området tidigare i år ha bidragit till översvämningarna.
Ett stort antal räddningsarbetare har skickats till området för att söka efter de saknade, uppger lokala myndigheter.
Mexiko drabbas återkommande av översvämningar och tropiska stormar.
Även Guatemala har drabbats av hårda oväder och minst sex människor har dött till följd av att en flod vid en kåkstad i utkanten av huvudstaden Guatemala City svämmat över medan 13 personer saknas, enligt landets räddningsmyndighet Conred.
Personal från räddningstjänsten söker i området efter döda och överlevande i bråten som de stora vattenmassorna lämnat efter sig.