Åtminstone tjugo personer saknas, enligt myndigheterna.
Som den första orkanen för säsongen i östra Stilla havet drog Agatha i måndags in som en kategori två-orkan över flera badorter vid den mexikanska kusten. Området har piskats av hårda vindar och kraftiga regn.
– Skyfall tidigt på tisdagsmorgonen orsakade översvämmade floder och jordskred, säger Alejandro Murat, guvernör i delstaten Oaxaca.
Ovädret är den kraftigaste stormen som har slagit till mot den mexikanska Stillahavskusten i maj månad sedan statistiken började registreras 1949, enligt USA:s orkancenter NHC.
Stormen har försvagats i takt med att den rört sig över land, men det regnar fortfarande kraftigt på sina håll i södra Mexiko och det råder ännu risk för jordskred och översvämningar, varnar NHC.