Jesús Murillo åtalas för påtvingat försvinnande, tortyr och förhindrande av rättvisan, meddelar en domare efter en domstolsförhandling i Mexico City
Han anses vara arkitekten bakom den granskningsrapport gällande händelserna som presenterades av expresidenten Enrique Peña Nietos regering 2015 och som blev hårt kritiserad från flera håll.
Murillo är den mest högprofilerade bland dem som hittills har åtalats i ärendet. Förra veckan utfärdades arresteringsordrar för tiotals personer, däribland militärer, poliser och kartellmedlemmar.
Lärarstudenterna hade före försvinnandet ordnat med bussar från den sydliga delstaten Guerrero för att delta i en demonstration i Mexico City.
Enligt de som utrett fallet ska de i samband med resan ha blivit frihetsberövade av korrupta poliser och överlämnade till en drogkartell, som misstog dem för medlemmar i ett rivaliserande gäng. Men exakt vad som hände är omtvistat.
Den kritiserade granskningsrapporten gjorde gällande att de mördats av kartellen som sedan brände deras kvarlevor.
Men enligt den sanningskommission som för närvarande utreder illdådet har brottet kopplingar till statliga institutioner, och då särskilt militären. Det är en avgörande skillnad jämfört med granskningen från 2015, där inget ansvar tillskrevs landets väpnade styrkor.