Det har en federal domare beslutat, enligt aktivister som motsätter sig projektet av miljöskäl och har tagit saken till domstol.
Kritiker till tåglinjen som ska gå genom det som en gång var Mayarikets hjärta är bland annat oroade över "mayatågets" inverkan på vilda djur och grottor.
Domaren motiverar beslutet om byggstopp på sträckan Playa del Carmen-Tulum med faran för "irreversibel skada" på ekosystemen och bristande miljökonsekvensstudier, enligt en miljöorganisation som är en av målsägandena. Myndigheterna väntar sig dock att arbetet får fortsätta efter det att miljökonsekvensbeskrivningen är klar.
López Obrador hoppas att tåglinjen ska kunna invigas i slutet av nästa år.