Chockbeskedet, som binder armén till en av landets värsta människorättsskandaler genom tiderna, gavs av biträdande inrikesministern Alejandro Encinas när denne släppte nya detaljer ur sanningskommissionens rapport.
Enligt Encinas lämnades studenterna över till en lokal överste, José Rodríguez, som gav order om att studenterna skulle dödas.
Studenterna från den radikala lärarhögskolan i Ayotzinapa var på väg till en demonstration i Mexiko City när de frihetsberövades av korrupta poliser i staden Iguala.
Ringde larmnumret
Studenterna ska ha ringt det mexikanska larmnumret medan de under flera dagar hölls fångna i en lagerbyggnad, innan de lämnades över till den lokala översten.
– Enligt uppgifter var de sex studenterna vid liv under så många som fyra dagar efteråt, och dödades och försvann på order av dåvarande överste José Rodríguez, sade Encinas under fredagen.
Översten ska några dagar senare ha nämnt att armén tar hand om "uppstädningen", och att man redan tagit hand om de sex studenter som fortfarande varit vid liv.
Försvarsdepartementet har inte velat kommentera anklagelsen.
Kopplingar till kriminella
Sanningskommissionens rapport om händelsen har redan tidigare avslöjat att det funnits kopplingar mellan polisen och det kriminella nätverket Guerreros Unidos, som ska ha deltagit i våldet och försvinnandena.
Arméns roll i studenternas försvinnande har länge skapat spänningar mellan studenternas familjer och Mexikos regering. Det har från början väckts frågor kring dess eventuella inblandning och anhöriga har krävt i åratal att få söka igenom militärbasen i Iguala. Tillstånd till detta gavs först 2019.
Kropparna har aldrig hittats. Fragment av brända benbitar har dock konstaterats matcha med tre av studenterna.