Chefen misstänks för att inte ha gjort tillräckligt för att förhindra branden, trots att tidigare incidenter visat på brister på landets förvar. Ytterligare en tjänsteperson misstänks också för brott, enligt åklagarmyndigheten.
Tre anställda på migrationsmyndigheten, en vakt och en migrant från Venezuela är sedan tidigare frihetsberövade i ärendet.
Branden på migrantförvaret i staden Ciudad Juárez, vid gränsen mot USA, bedöms ha startat då några av migranterna tände eld på madrasser i protest mot att de hade frihetsberövats.
Ett par vakter såg enligt övervakningsbilder ut att lämna förvaret utan några uppenbara försök att släppa ut migranterna. Men president Andrés Manuel López Obrador säger att vakterna i fråga inte hade några nycklar.
– Dörren var stängd, för personen som hade nycklarna var inte där, säger han.
Kvarlevorna efter 17 avlidna migranter från Guatemala, liksom fem från Honduras, flögs till sina hemländer under tisdagen.