Prästen hade tilldelats en församling i kommunen Huandacareo för en månad sedan, enligt den katolska kyrkan. Det är den nionde prästen som mördats i landet under de senaste fyra åren.
De mexikanska biskopskonferensen fördömer mordet och uppmanar myndigheterna att hitta de skyldiga.
"Det är en smärtsam påminnelse om den allvarliga situation vi står inför som ett samhälle, där närvaron av organiserad brottslighet och straffrihet fortsätter att hota livet och säkerheten för så många", skriver biskopskonferensen i ett uttalande.
Michoacan har plågats av våld i flera år. Flera drogkarteller konkurrerar om kontrollen och har utökat sin kriminella verksamheten till att omfatta skogsavverkning, gruvdrift samt även produktion av lime och avokado.