Beslutet fattades trots att Italiens tämligen nya regering bestämt sig för en hård hållning gentemot migranter som kommer från Nordafrikas kust.
Hjälporganisationen Läkare utan gränser hade chartrat fartyget Geo Berents för att rädda nödställda migranter på Medelhavet. På söndagen anlände fartyget till Salerno, nära Neapel, med 248 hjälpsökande ombord.
Längre norrut lade fartyget Humanity, chartrat av tyska hjälporganisationen SOS Humanity, till i Baris hamn med 261 nödställda migranter ombord.
– De är lyckliga och lättade, och de är nöjda. Det är vi också, sade Juan Matias Gil som ledde insatsen från Läkare utan gränser när migranterna nått land.
Italiens regering, ledd av högerextrema Giorgia Meloni, har utlovat hårda tag mot migranter som tar sig över Medelhavet. Inrikesminister Matteo Piantedosi har förespråkat att alla migranter "utom de mest utsatta" ska avvisas från Italien och i stället föras till räddningsfartygens hemmahamnar.
Högerregeringens försök att stoppa migranter ses som brott mot internationell lag av hjälporganisationer.
I fredags landsatte skeppet Louise Michel, som bekostas av konstnären Banksy, ett 30-tal migranter på ön Lampedusa, en hjälpinsats avsedd att utmana den italienska regeringens migrationspolitik.