Varningen kommer från FN:s livsmedelsprogram WFP som pekar på en allt sämre humanitär situation i landet.
– Översvämningarna sveper över hela landet och dränker hela byar, hem, jordbruksmark, boskap och andra möjligheter till försörjning, säger Matthew Hollingworth, WFP:s landchef i Sydsudan.
Värst är situationen i delstaten Jonglei, där omkring 85 000 personer redan tvingats lämna sina hem. De kraftiga regnen har fallit innan vattnet från förra årets översvämningar hunnit dra sig tillbaka helt.