Skalen är värda motsvarande drygt 200 miljoner kronor, och tillslaget är ett av de största som gjorts i Filippinerna, det land där merparten av världens tropiska jättemusslor finns.
Naturvårdare har uttryckt oro över den ökade illegala handeln med de utrotningshotade djuren, som nu används som substitut för elfenben efter att hårda åtgärder vidtagits för att stoppa handeln med elefantbetar.
– Det kommer att påverka det marina ekosystemet permanent, säger Jovic Fabello, talesperson för det lokala rådet för hållbar utveckling.
Med en storlek på upp till 1,3 meter och en vikt på 250 kilo fungerar musslorna som värdar för alger som utgör grundläggande föda för många av de fiskar som människor äter.
Att döda utrotningshotade djur är belagt med upp till 12 års fängelse i Filippinerna.