Under de senaste månaderna har partiet Shor arrangerat flera regeringskritiska protester i huvudstaden Chisinau och i andra städer runt om i landet. Partiet anklagar president Maia Sandu för höga elräkningar och för att försöka dra in landet i Ukrainakriget.
Myndigheterna hävdar i sin tur att protesterna är en del av en rysk plan för att störta regeringen och ersätta den med en Moskvavänlig regering.
Domstolen har kommit fram till att partiet inte är författningsenligt.
"Det här är ett beslut som samhället har väntat på eftersom moldavierna uppskattar och vill leva i en demokratisk stat som styrs av lagen", skriver Sandu på Facebook.
Partiets fem ledamöter får sitta kvar i parlamentet som partilösa.
Enligt partiets advokat kommer domen att överklagas hos Europadomstolen.
Inför en regimkritisk protest i mars greps medlemmar i ett nätverk av moldavisk polis – misstänkta för att med stöd av Ryssland försöka destabilisera Moldavien.
Ilan Shor, som flydde till Israel 2019, dömdes i april till 15 års fängelse för bland annat penningtvätt och bedrägeri.