Han anklagas för politisk uppvigling och för att ha brutit mot militärdiktaturens hårda medieregler.
Toru Kubota greps i juli när han filmade en demonstration mot militärstyret i Rangoon (Yangon). Han kommer senare att ställas inför rätta för brott mot inresereglerna. Enligt en vän till honom var han i Myanmar för att göra en dokumentärfilm. Kubota har tidigare bland annat gjort filmer om rohingyerna, en förföljd minoritet i landet.
Efter att ha avsatt ledaren Aung San Suu Kyi i februari förra året har militärjuntan kraftigt inskränkt pressfriheten och Kubota är den femte utländska journalisten som har gripits. De övriga har senare fått lämna landet. Amerikanen Danny Fenster dömdes till elva års fängelse innan han benådades och deporterades.
Japan har intagit en något mjukare linje mot juntan än många regeringar i väst, något som kritiseras av Human Rights Watch (HRW).