Brunei, som är ordförandeland under mötet, meddelar att en opolitisk representant får närvara för Myanmars räkning i juntans frånvaro.
Medlemsländernas utrikesministrar kom till beslutet under ett blixtinkallat möte under fredagen, efter att Aseans särskilda sändebud till Myanmar nekats träff med tidigare ledaren Aung San Suu Kyi, som avsattes under en militärkupp den 1 februari.
Beslutet är sällsynt för Asean, som oftast håller en mer inkluderande policy för sina tio medlemsländer.
På Twitter skriver Indonesiens utrikesminister Retno Marsudi att Myanmar "inte bör tillåtas representeras på sådan politisk nivå förrän landet återupprättat sin demokrati".
Myanmars juntastyrda utrikesdepartement svarade på lördagen på beslutet:
"Myanmar är extremt besviken och motsätter sig å det kraftfullaste resultatet vid det extrainkallade utrikesministermötet." Myanmars militärjunta hävdar att beslutet strider mot Aseans mål.
Minst 1 100 personer har dödats i oroligheter i Myanmar sedan militärkuppen, enligt regionala människorättsorganisationer. Militären hävdar en klart lägre dödssiffra.