"Yttrandefrihet är en grundläggande del av demokratin. Men det som är lagligt är inte nödvändigtvis lämpligt", skriver statsministern på Twitter.
"Att bränna böcker som är heliga för många är en djupt respektlös handling. Jag vill uttrycka min sympati för alla muslimer som är kränkta av det som har hänt i Stockholm idag", fortsätter Kristersson.
Den högerextreme provokatören Rasmus Paludan brände ett exemplar av muslimernas heliga bok, Koranen, i närheten av Turkiets ambassad i Stockholm på lördagen.
Provokationen har väckt ilska i Turkiet, som i fredags kallade upp Sveriges ambassadör i landet. Enligt källor till nyhetsbyrån Reuters framförde Turkiet ett "starkt fördömande" av Paludans planerade koranbränning och krävde att demonstrationstillståndet skulle dras tillbaka.
Försvarsminister Pål Jonson (M) har också fått ställa in sitt besök hos Turkiets försvarsminister i Turkiet nästa vecka.
Flera demonstrationer hölls i Stockholm på lördagen, både till stöd för och mot Turkiet och landets president Recep Tayyip Erdogan. Inga oroligheter rapporterades in i samband med demonstrationerna, enligt polisen.
På lördagskvällen protesterade även en liten grupp människor utanför Sveriges generalkonsulat i Istanbul i Turkiet. Några av dem valde att tända eld på en svensk flagga.