Fartyget Eiho Maru No. 172 befann sig i slutet av maj någonstans mellan den nordjapanska ön Hokkaido och den sibiriska östkusten. Exakt var det befann sig har under de senaste veckorna diskuterats idogt av de båda länderna.
Den japanska regeringen hävdar nämligen att fartyget togs i beslag trots att det inte brutit mot några lagar.
– Fartyget verkade inom Japans ekonomiska zon, säger Katsunobu Kato, talesperson för den japanska regeringen under fredagen.
Moskva har dock en annan syn på saken. De hävdar i stället att Eiho Maru No. 172 befann sig i Rysslands ekonomiska zon när det beslagtogs.
Enligt uppgifter som den japanska regeringen nu utreder ska besättningen på fartygets tvingats betala en bot på runt 700 000 kronor innan den tilläts återvända till Japan.
Det lilla fiskefartyget seglade rakt in i en hätsk diplomatisk strid mellan de båda länderna. Sedan slutet av andra världskriget har både Ryssland och Japan hävdat kontrollen över fyra obebodda öar, i Ryssland kallade för södra Kurilerna och i Japan kallade för det norra territoriet.
Den diplomatiska osämjan fick nytt liv i maj, endast dagar före beslagtagandet av Eiho Maru No. 172, då ett japanskt fiskefartyg kolliderade med ett ryskt fraktfartyg vilket resulterade i att tre japanska besättningsmän omkom.