Alla barer, restauranger, biografer, museum, teatrar samt alla affärer som inte bedöms som nödvändiga kommer att hållas stängda för kunder.
Det högsta tillåtna antalet gäster över 13 års ålder som folk får bjuda hem minskas från fyra till två, förutom på juldagen. Människor ska även röra sig utomhus i grupper om högst två.
– Kortfattat kan man säga att Nederländerna kommer att gå tillbaka in i en nedstängning, säger Rutte.
Det var en dämpad Rutte som tillade att han var ledsen över att behöva ge beskedet. Han beskrev åtgärderna som "oundvikliga" på grund av omikronvariantens snabba spridning i landet och för att förhindra att sjukvården rasar under trycket.
– Nu måste vi ingripa som en försiktighetsåtgärd.
Nedstängningen ska gälla från och med söndagen fram till den 14 januari. Skolor kommer att hållas stängda till åtminstone den 9 januari.
Smittskyddschefen Jaap van Dissel slog på presskonferensen där beskedet gavs fast att man räknar med att omikron tar över delta som dominerande variant i landet innan nyår.
Nederländerna har under pandemins gång skakats av en lång rad demonstrationer, och även våldsamma upplopp, mot införandet av restriktioner.
Enligt Johns Hopkins-universitet är ungefär 74 procent av befolkningen i Nederländerna fullvaccinerad.