Polisen grep paret på ett flygplan på Schipholflygplatsen när flygplanet var på väg att lyfta mot Spanien.
– Vi hörde olyckligtvis att folk lämnade hotellet, trots att de meddelats att de skulle stanna där. Vi var tvungna att agera och vi genomförde gripandena, säger gränspolisens talesperson Robert van Kapel.
Paret befinner sig nu i isolering igen, men på ett sjukhus. Paret säger till nederländska tv-kanalen RTL att en vakt på hotellet sagt att fick lämna sedan självtest visat att de inte var smittade.
– Påståendet att vi rymde från karantänen är för otroligt löjligt. Ingen talade om reglerna för oss, vi behandlades som hundar, säger kvinnan i paret.
14 av 61 covidpositiva passagerare som landade i fredags i Nederländerna har bekräftats smittade med den nya omikronvarianten. Nästan alla befinner sig i karantän på hotellet.