Landets högsta domstol avsatte på måndagen den tidigare premiärministern Khagda Prasad Oli, med motiveringen att denne i strid med lagen upplöst parlamentet, och installerade Deuba i dennes ställe.
Domstolen krävde dock att Deuba inom 30 dagar skulle vinna en förtroendeomröstning för att få behålla posten. Något den 75-årige veteranen, med 165 röster för och 83 emot, nu klarat.
Deuba, från socialdemokratiska partiet Nepalesiska kongressen, kommer att styra med stöd av tidigare maoistrebeller och etniska minoritetsgrupper. Om han inte klarat förtroendeomröstningen hade nyval väntat.
– Att bekämpa covid kommer att vara den nya regeringens första prioritet, sade Deuba efter voteringen i underhuset.