Parlamentet har röstat igenom en ny lag som gör att organisationen måste upphöra med sin verksamhet.
Röda Korset anklagas för att ha "attackerat fred och stabilitet" under en demonstration mot regeringen 2018. Organisationen uppger att de bara hjälpte skadade demonstranter.
Den nya lagen ger även myndigheterna rätt att konfiskera Röda Korsets tillgångar i landet.
Röda Korset är bara den senaste av en lång rad organisationer som förbjudits eller stängts av regeringen. De har det gemensamt att Ortega anklagat dem för att samarbeta med utländska intressen för att störta honom.
President Daniel Ortega har nu beordrat hälsodepartementet att bilda ett alternativt nicaraguanskt "Röda Korset".