Beslutet att stoppa dem togs i parlamentet med stor majoritet under tisdagen.
Alla organisationer som förbjuds anklagas för att ha brutit mot lagen som säger att människor och organisationer som tar emot donationer från utlandet måste registrera sig som "utländska agenter". Enligt lagen måste de också redovisa sin bokföring.
Fler än 200 icke-statliga organisationer har förbjudits av president Daniel Ortegas regering sedan säkerhetstjänsten brutalt slog ned protester i landet 2018.
Ortega vann valet i fjol och kunde tillträda en fjärde mandatperiod. Flera tidigare presidentkandidater hade gripits före valet, som internationellt bedömts som varken fritt eller rättvist.