Polisen anklagar kyrkan och biskopen Rolando Álvarez för att uppmana till våld och vilja destabilisera landet.
Álvarez, uttalad kritiker av president Daniel Ortega, har sedan i torsdags tillsammans med flera församlingsmedlemmar, både präster och privatpersoner, hindrats från att lämna biskopens residens i staden Matagalpa i norra Nicaragua. Polisen säger att flera personer utöver biskopen utreds och att dessa under tiden som utredningen pågår inte kommer att tillåtas lämna residenset.
Varken kyrkans ledning i Nicaragua eller Vatikanen har kommenterat veckans händelser.
Tidigare i veckan stängde Ortegas regering åtta radiostationer och en tv-station i Matagalpa-provinsen. Sju av radiostationerna drevs av kyrkan.