Den skjutne, 32-årige Joao Maldonado, fick stor uppmärksamhet som ledare för regimkritiska demonstrationer i sydvästra Nicaragua 2018.
Maldonados tillstånd är kritiskt efter skottskadan. Skjutningen inträffade i en förstad till Costa Ricas huvudstad San José sent på lördagen. Han sköts i bröstet och armen.
Maldonado befann sig i Costa Rica för att organisera oppositionella grupper som motsätter president Ortegas alltmer auktoritära maktmetoder.
Över 80 000 nicaraguaner har tagit sin tillflykt till Costa Rica efter demonstrationerna 2018, då de är rädda för repressalier.