Attacken ägde rum natten mot onsdagen. Enligt försvarsdepartementet dödades omkring 50 av angriparna och en stor mängd vapen och ammunition beslagtogs.
Boko Haram bedriver sedan 2009 väpnad kamp mot staten i Nigeria, men våldet spiller regelbundet över till grannländerna Niger, Tchad och Kamerun.
Senast i december dödades 28 människor i en attack i Diffa som enligt regeringen utfördes av Boko Haram.