Beslutet tillkännagavs på måndagen av utrikesdepartementet i det västafrikanska landet. Där förklarades att man drar tillbaka sitt samtycke till utplaceringen av ett EU-militärt partnerskapsuppdrag i Niger.
Den militärregim som efter en kupp i somras styr Niger har tidigare slängt ut bland andra FN och Frankrikes Nigerambassadör ur landet.
Nigers störtade tidigare president, västvänlige Mohamed Bazoum, hade nära relationer med den forna kolonialmakten Frankrike. Efter kuppen har spänningarna mellan länderna ökat, då Paris bland annat vägrat erkänna militärjuntan som Nigers styre.