Två kroppar hittades kort efter det att olyckan hade ägt rum. Under helgen har man funnit kvarlevorna från ytterligare 13 personer.
Fortfarande saknas en person av de totalt 16 som befann sig ombord.
Enligt Lagos farledsmyndighet ska besättningen ha brutit mot reglerna och påbörjat resan senare än vad som är tillåtet, vilket fick till följd att passagerarbåten drogs med av tidvattnet och krockade med en pråm varpå den kantrade.
Passagerarna, bland dem barn, bar inte flytvästar.
Båtolyckor är vanliga i Nigeria till följd av överfulla båtar och bristande underhåll.