Röstningen i Afrikas folkrikaste land blev på många orter försenad, och flera vallokaler tvingades stänga efter att ha attackerats av beväpnade gäng, som sköt i luften och bar iväg röstningsmaskiner. Inga dödsfall eller allvarliga skador har rapporterats.
Oroligheterna pågick hela dagen, men vid 19-tiden kunde valmyndigheten meddela att rösträkningen officiellt hade inletts – samtidigt som huvudstaden Abuja för första gången i år fick uppleva regn.
Räkningen görs lokalt i tiotusentals vallokaler innan resultaten skickas till Abuja för sammanräkning. Ett slutresultat kan dröja till tisdag.
Att räkningen inletts betyder inte att röstandet har avslutats. Under kvällen var köerna fortsatt långa på flera ställen, rapporterar nyhetsbyrån AP.
Bad om ursäkt
Redan på lördagsmorgonen märktes problemen. En timme innan valet skulle inledas saknades enligt observatörer valarbetare vid mer än 70 procent av vallokalerna.
På andra håll hade vissa vallokaler inte ens öppnat två timmar innan de skulle stänga, och ytterligare andra lokaler bad väljare återkomma senare, eftersom de apparater som registrerar väljare slutat fungera.
I södra delstaten Bayelsa blev problemen så stora att valkommissionen stängde 141 vallokaler, och valet sköt där upp, rapporterar BBC.
På en pressträff bad valmyndighetens chef Mahmood Yakubu om ursäkt för problemen men sade att alla som hunnit ställa sig i kö när deras vallokaler stängde skulle få rösta.
Trots problemen och att vallokalerna bara skulle hålla öppet i sex timmar ser valdeltagandet enligt BBC ut att bli relativt högt. Drygt 87 miljoner människor hade hämtat sina röstkort.
Tre huvudkandidater
De som kunde lägga sina röster hade 18 presidentkandidater att välja på, men de senaste veckorna har tre namn visat sig vara de huvudsakliga alternativen att ersätta Muhammed Buhari som president: Bola Tinubu, 70 år, Atiku Abubakar, 76, och Peter Obi, 61.
– Obi vet vad nigerianer behöver, Han vet vad som verkligen stör oss och jag tror att han vet hur man hanterar det, säger 29-åriga Favour Ben som kom till en vallokal i staden Abuja en timme innan den skulle öppna.
I Yola i delstaten Adamawa talade presidentkandidaten Atiku Abubakar kort med medier efter att ha lagt sin röst på lördagsmorgonen, där han sade att han är optimistisk och hoppas att valet fortsätter att vara fredligt.
Förutom att välja president ska väljarna också utse federala senatorer samt 360 parlamentsledamöter till representanthuset.
Nigeria är Afrikas största ekonomi och en av kontinentens främsta oljeproducenter. Dessutom har landet en av världens största ungdomsbefolkningar, cirka 64 miljoner av landets 210 miljoner invånare är mellan 18 och 35 år.