Det är den andra massakern i området på kort tid. Tidigare i veckan dödades 50 personer i en attack mot en by.
Bakgrunden är inte klarlagd. Men våldsamheter mellan nomadiska herdar tillhörande folkgruppen Fulani och bönder är vanliga i regionen.
Enligt myndigheterna skedde fredagens attack mot en skola, använd som hem för personer som flytt våld, utanför delstatshuvudstaden Makurdi.
Landets president Muhammadu Buhari fördömer det "extrema våldet" och säger i ett uttalande att ansträngningar görs för att snarast hitta och ställa gärningsmännen inför rätta.
De våldsamma konflikterna bottnar i osämja om resurser och åkermark, men har ofta eskalerat med blodiga sammandrabbningar och hämndspiraler.