Den återupprättade flyglinjen är ett steg i ett försök att bygga förtroende mellan grannländerna, som länge haft en ansträngd relation.
Bulgarien erkänner inte en separat makedonsk etnicitet och språk, utan anser att språket är en bulgarisk dialekt.
Dispyten har lett till att landet lagt in sitt veto mot att låta Nordmakedonien påbörja samtal om EU-medlemskap, trots att landet uppfyller alla krav och EU-kommissionen sedan flera år anser landet redo.
Nordmakedonien löste nyligen en liknande konflikt med grannlandet Grekland, som därmed lyfte sitt veto mot ansökningar om medlemskap i EU och Nato, genom att byta namn från Makedonien.