Beskedet kommer sedan det på torsdagen blev känt att polisen i Oslo har påbörjat en utredning av sex ledamöters användning av stortingets pendlarlägenheter.
Det är ännu inte bekräftat att Eva Kristin Hansen finns bland de sex.
– Jag tar för givet, att jag finns bland dem, säger hon.
Utredningen handlar om huruvida stortingsledamöterna följt reglerna för pendlarlägenheterna.
Statsminister Jonas Gahr Støre (Ap) säger att han har blivit informerad av Hansen att hon kommer att avgå från sin post.
– Jag vet att det här fallet är smärtsamt för henne, och att hon är ledsen. Jag tycker ändå att det är rätt att hon nu avgår som riksdagspresident, säger statsministern till NRK.