Dessutom har flyende råkat ut för talibaner.
– Talibanska stridande öppnade eld mot civila som flydde från de värst drabbade områdena, säger Abdul Shukoor Qudoosi, tjänsteman i distriktet Bagram.
Beskjutningen verkar ha skett av misstag i samband med strider mellan talibaner och regeringsstyrkor. Fyra civila och en soldat dödades i kulregnet.
Samtidigt växer de direkta konsekvenserna av själva översvämningarna. Minst 150 personer har hittats döda och över 1 500 bostäder har förstörts i och omkring staden Charikar norr om Kabul, enligt myndigheterna. Ytterligare hundratals människor har skadats, och sökandet efter överlevande fortsätter.
Översvämningarna utlöstes av extrema regn tidigare i veckan.