Organisationens livsmedelsprogram WFP har med flyg hittills evakuerat 380 av de allra mest utsatta från området till provinshuvudstaden Pemba, men tvingades avbryta arbetet på fredagen, uppger en talesperson, som säger att pausen bara är tillfällig och att WFP utvärderar situationen "minut för minut".
Under fredagen evakuerade Läkare utan gränser sin personal i Afungi och samma besked kom från den franska energijätten Total, som deltar i ett omfattande naturgasprojekt i området.
I veckan uppgav FN att mer än 8 000 flyende människor nått säkerhet efter den brutala jihadistattacken mot staden Palma den 24 mars.
Ett okänt antal människor, men åtminstone ett dussintal, dödades i attacken mot staden som vanligtvis har 75 000 invånare. Tusentals flydde antingen till fots eller med båtar.
Extremisterna i norra Moçambique har satt skräck i det gas- och mineralrika Kap Delgado (Cabo Delgado) i över tre års tid och över 2 600 människor har dödats i olika attacker.
I fjol svor en av de mer aktiva extremistgrupperna Ansar al-Sunna, som lokalt kallas al-Shabaab (utan koppling till den somaliska gruppen), trohet till terrorrörelsen IS.
Även den IS-anknutna rörelsen Islamiska statens centralafrikanska provins (på engelska förkortad IS-CAP) är aktiv i regionen.