Tåget var på väg från Lecco till Milano då tre av vagnarna hakade av spåret i närheten av stationen Carnate-Usmate vid lunchtid.
Enligt utredarna hade tågföraren och konduktören klivit av för att ta en paus när tåget "av ännu okända skäl" lämnade stationen "utan någon personal ombord".
Tåget körde därefter fyra kilometer innan ett automatiskt säkerhetssystem växlade in det på ett otrafikerat spår där det sedermera spårade ur.