Ytterligare runt 100 människor har skadats.
Bakom de höga flödena ligger kraftiga skyfall i provinsen Parvan, där Charikar ligger, under natten mot onsdagen. Bland de döda finns flera barn, uppger departementet för katastrofhjälp.
– I vårt kvarter finns två familjer som fortfarande är begravda under bråten, säger Charikar-bon Abdul Majid till den afghanska tv-kanalen Tolo News.
Bilder i sociala medier visar hur bilar driver omkring på gator fyllda av gyttjigt vatten. President Ashraf Ghani har beordrat en hjälpinsats till Charikar.
Även från andra provinser, däribland Nangarhar och Panjshir, rapporteras översvämningar, dock utan några uppgifter om dödsoffer.
Skyfall och översvämningar dödar tiotals personer varje år i Afghanistan.