Fortfarande söker brandmän igenom det 257 meter långa fartyget för att säkerställa att det inte pyr någonstans, innan en teknisk undersökning om orsaken till branden kan inledas.
"Vi vet inte vad som orsakat branden. Vi vet inte hur omfattande skadorna är. Det är för tidigt att göra några prognoser eller löften om hur fartygets framtid kommer att se ut", säger konteramiralen Philip Sobeck i ett uttalande.
En teori är att kartonger i ett lagringsutrymme fattade eld av en gnista i söndags, och att branden därefter letade sig uppåt i fartyget till ett stort hangarliknande område. Den omfattande branden rasade med höga temperaturer, som gjorde släckningsarbetet komplicerat.
Branden bekämpades bland annat med hjälp av att helikoptrar vattenbombade fartyget och brandbåtar sprutade vatten för att försöka kyla ned skrovet.
Amfibiefartyget beskrivs som ett litet hangarfartyg, och är ett av de större fartygstyperna i den amerikanska flottan. Fartyget låg vid kaj för uppgraderingsarbeten.
– Det kan överleva. Tillståndet är genomgående stabilt. Det kan repareras. Om det kommer att göras återstår att besluta om, säger Philip Sobeck, enligt The San Diego Union-Tribune.
63 personer har skadats i branden, men ingen har behövt läggas in på sjukhus.