– Minst 23 personer, däribland kvinnor och barn, dödades i olika olyckor som vägg- och takkollapser och drunkningar, säger Ghulam Nabi Memon, Karachis polischef.
För att undvika ytterligare skadade och döda har de lokala myndigheterna beslutat att fredagen är allmän helgdag, vilket gör att färre utsätter sig för fara vid resor till och från arbetet.
Skolor ger tak över huvudet för människor som inte längre kan använda sina bostäder.
Strömförsörjningen i stora delar av staden är ännu utslagen.
Landets centralbank, aktiebörs och huvudkontor för flera stora banker ligger i Karachi och har drabbats av översvämningarna.
I den bergiga provinsen Khyber Pakhtunkhwa krävdes ytterligare minst 16 dödsoffer i plötsliga översvämningar som också förstörde 67 byggnader, enligt katastrofmyndighetens talesperson Taimur Ali.
Ytterligare fyra personer dödades när en lagerbyggnad kollapsade i provinsen Punjab.