Olyckan inträffade i samband med inflygning till flygplatsen i huvudstaden Abuja, enligt luftfartsministern.
Enligt de nigerianska myndigheterna hade piloten meddelat om motorproblem och var på väg tillbaka till Abujas flygplats.
Planet ska vara av en mindre typ, troligen med kapacitet för uppemot tio personer. Ingen ombord rapporteras ha överlevt kraschen.