Varningen utfärdas efter flera dagars ihållande regn, som ser ut att fortsätta de kommande dagarna.
De kraftiga skyfallen har fått tio dammar längs floden att stiga över sina maxnivåer med i vissa fall uppemot 7 meter, enligt Kinas departement med ansvar för vattenresurser. Den omkring 100 mil långa Huaifloden flyter genom viktig jordbruksmark och flera industriknutpunkter i provinserna Henan, Anhui och Jiansu.
Stora delar av Kina har drabbats hårt av regnoväder de senaste två veckorna, från Chongqing i väst till Shanghai på östkusten. I flera områden längs landets längsta flod Yangtze har översvämningsvarningar på högsta nivån utfärdats, däribland i Jiangxiprovinsen, där Kinas största sötvattensjö Poyangsjön är belägen.