Under onsdagen rörde sig ovädret norrut och den meteorologiska myndigheten JMA varnar för stora regnmängder i prefekturerna Gifu och Nagano i de centrala delarna av landet.
I Gifu uppmanades över 200 000 människor att evakuera, men beslutet drogs tillbaka när ovädret nedgraderades från den högsta nivån. Närmare 5 000 invånare isolerades tillfälligt när vägar blev avskurna av jordskred, rapporterar Japan Times.
Över 80 000 räddningsarbetare har sänts ut för att rädda överlevande som blivit strandade i översvämningar och jordskred. Coronapandemin har försvårat räddningsarbetet och på de evakueringscenter som upprättats uppmanas människor att hålla avstånd.