Tre av dödsoffren, inklusive spädbarnet, miste livet i byn Politiká. En man och en kvinna, bägge i 80-årsåldern, hittades medvetslösa i sina hus och avled senare på sjukhus.
– Det här är ett väderfenomen som vi inte har upplevt tidigare, säger vice civilförsvarsministern Nikos Hardalias som rest till katastrofområdet, och tillägger att klimatförändringarna gör oväder mer svårberäkneliga.
Premiärminister Kyriakos Mitsotakis ska besöka ön på måndagen och uttrycker sin "djupaste smärta för de förlorade liven".
Evia är Greklands näst största ö efter Kreta. Politiká och omkringliggande byar drabbades hårt av ovädret som slog till mot Grekland under lördagen och lämnade översvämmade vägar och hus efter sig, vilket även drabbade turister som inte kunde ta sig ifrån en campingplats på ön.
Runt 100 brandmän, två helikoptrar och kustbevakningen har satts in för att rädda de som isolerats till följd av ovädret.
En person saknas fortfarande efter ovädret.