Köbildning på utfartsvägar från Goma hindrade framkomlighet sedan myndigheter infört "preventiv" evakuering.
Vulkanen hade ett utbrott i lördags. Lava strömmade mot Goma och förstörde hem i dess väg, men nådde aldrig fram till staden. Myndigheter befarar nya utbrott från vulkanen som är aktiv och farlig.
De flesta som lämnade området tog sig mot staden Sake ett par mil västerut, eller mot gränsen till Rwanda.
"80 000 hushåll, vilket motsvarar omkring 400 000 invånare, lämnade Goma på torsdagen", meddelade lokala myndigheter.
Insatser görs för att distribuera vatten, mat och förnödenheter, samt att hjälpa barn som skilts från föräldrar att hitta sina anhöriga.