Smittan har upptäckts hos två personer i Wien och en av dem har avlidit i den ovanliga sjukdomen.
Den andra personen håller på att tillfriskna, meddelar landets hälsodepartement, som har anmält fallen till internationella instanser.
Difteri är en livshotande sjukdom som i dag framför allt förekommer i Afrika och Sydostasien. I Sverige vaccineras befolkningen mot difteri genom det allmänna vaccinationsprogrammet och ingen har smittats med difteri här under de senaste 25 åren, enligt Vårdguiden/1177.
Även i Österrike vaccineras barn mot difteri och där ges påfyllningsdoser vart tionde år. Hittills hade landet haft 20 "difterifria år", enligt dess hälsodepartement.
Skyddet mot sjukdomen hos en person som vaccinerades som litet barn bedöms avta kring 30-årsåldern.
Difteri orsakas av en bakterie som utsöndrar ett slags gift och sjukdomsförloppet inleds vanligtvis i luftvägarna, vilket kan påminna om halsfluss. Det smittar endast genom kontakt med saliv.