Enligt valkommissionen hade Ramos-Horta säkrat 62 procent av rösterna, motsvarande 397 000 av röster. Utmanaren Francisco Guterres fick 38 procent i valet när samtliga röster räknats.
Därmed får den 72-årige nobelpristagaren Ramos Horta styra landet i ytterligare en period. Han var president i det unga landet åren 2007-2012 och har också varit Östtimors premiärminister.
EU:s valobservatörer gav valet godkänt och sade att valrörelsen varit fri från våldsinslag.
Den andra och avgörande valomgången hölls på tisdagen.