Telekommyndigheten PTA hade tidigare i veckan gett Wikipedia ett ultimatum som man menar att tjänsten inte levt upp till.
– De tog bort en del av materialet men inte allt, säger Malahat Obaid, talesperson för myndigheten.
– De kommer att förbli blockerade tills de tar bort allt stötande material.
Hädiska kommentarer om islam är ett känsligt ämne i Pakistan. Blasfemi är förbjudet och kränkningar av islam kan leda till dödsstraff.
Landet har tidigare stängt ner mediejättar som Facebook och Youtube. Youtube blockerades mellan 2012 och 2016 på grund av en video om profeten Muhammed som orsakade våldsamma protester i den muslimska världen.
The Wikimedia Foundation, som driver Wikipedia, säger i ett uttalande att landet nu "förnekar den femte folkrikaste nationen i världen tillgång till det största fria kunskapsförrådet".