I samband med det greps hundratals av hans anhängare i nattliga räder.
Beslutet kommer bara timmar efter att en polis sköts ihjäl av en Khan-supporter i den nordöstra staden Lahore, när de kom för att gripa honom.
Förra veckan uppmanade den förre premiärministern sina anhängare att fredligt marschera till Islamabad, för att pressa regeringen att utlysa nyval.
Den tidigare cricketstjärnan förlorade en misstroendeomröstning i april och tvingades avgå efter drygt tre år vid makten. Sedan dess har han hållit flera massmöten för att mobilisera sina anhängare.
Trots förbudet meddelar Khan på en presskonferens i Peshawar att marschen kommer att fortsätta som planerat, och att han själv även skulle vara där.