Det varnar Världshälsoorganisationen WHO på lördagen.
Även om vattennivåerna sjunker, så kvarstår svåra problem med sjukdomar som denguefeber, malaria och infektioner. Stillastående vattenmängder ökar risken för spridning av myggor som i sin tur sprider smittor.
Dessutom är vattnet farligt att dricka.
"Jag är djupt oroad över möjligheten till en andra katastrof: en våg av sjukdomar och död som följer denna katastrof som är direkt kopplad till klimatförändring", sade WHO:s generalsekreterare Tedros Adhanom Ghebreyesus i ett uttalande på lördagen. Han uppmanar omvärlden att fortsätta att ge stöd i form av bland annat sjukvårdsinsatser.
Monsunregnen och påföljande översvämningar har krävt över 1 500 dödsoffer, varav över 500 uppges vara skolbarn. Över 33 miljoner invånare är direkt drabbade.