Uppmaningar till protester hade kommit på bred front: från premiärminister Shehbaz Sharif till landets mest extrema islamistgrupper.
I den mest folkrika staden Karachi hade runt 3 000 anhängare till det radikala och shariaförespråkande islamistpartiet Tehreek-e-Labiak (TLP) samlats. Flera slog sönder dockor som svepts i svenska flaggor.
Partiet uppmanar till total bojkott av svenska produkter och kräver att Pakistan ska kapa alla diplomatiska band till Sverige.
Ytterligare runt 5 000 TLP-anhängare deltog i en av ett dussintal protester i mot Sverige i den näst största staden Lahore.
Brände flaggor
Svenska flaggor brändes runt om i landet, bland annat på marknaden Sitara i huvudstaden Islamabad. "Koranen är vår röda linje" skanderade hundratals demonstranter på marknaden. De bar plakat som krävde utvisning av Sveriges ambassadör. Andra trampade på svenska flaggor med budskapet "bojkotta Sverige" och en överkorsad bild på statsminister Ulf Kristersson.
I moskéer runt om i landet fördömdes koranbränningen under fredagsbönen.
"När det kommer till koranen så står nationen enad", skrev premiärminister Sharif på Twitter.
I ett tv-sänt framträdande i parlamentet på torsdagen ifrågasatte Sharif att den svenska polisen tillät att människor brände koraner i Sverige. I ett tidigare skede sade han sig bli "äcklad och förfärad" av det inträffade.
Akut möte i FN
FN:s råd för mänskliga rättigheter (UNHRC) kallade i tisdags till extrainsatt möte med anledning av "koranbränningar i Europa". Mötet, som hålls på tisdag, har begärts av Islamiska konferensorganisationen (OIC), som har 57 medlemsstater, genom just Pakistan.
Det finns en stark religiös extremistlobby i Pakistan, sade den Pakistanforskande statsvetaren Sten Widmalm till TT tidigare i veckan. Han ser också inrikespolitiska skäl till att ilskan underblåses.
– Pakistan har en pågående kris med sin ekonomi och en opposition som de försöker trycka bort helt och hållet ur det redan bräckliga demokratiska systemet. När man får sådana här frågor som kan uppfattas som yttre hot lägger man ofta mycket energi på att avleda uppmärksamhet till sådana frågor, i stället för att behandla de inrikespolitiska frågorna av mer brännande karaktär, sade Widmalm.
UD i löpande kontakt med ambassaden
I slutet av juni tog sig demonstranter in i Sveriges ambassad i Iraks huvudstad Bagdad i samband med en protest mot koranbränningen i Stockholm.
Enligt AFP blev demonstranterna utkörda från ambassaden efter omkring 15 minuter när säkerhetsstyrkor anlände.
Utrikesdepartementet uppger sig vara i löpande kontakt med Sveriges ambassad i Islamabad i samband med protesterna på fredagen.
"Ambassadens verksamhet är igång, men kansliet är stängt för externa besökare", skriver UD:s presstjänst i ett mejl till TT.
"Vi kommenterar inte närmare vilken hotbild som råder mot utlandsmyndigheter eller vilka säkerhets- och krisberedskapsåtgärder som vidtas, eftersom det skulle kunna äventyra genomförandet och medföra ökade risker för personal och andra."