Aktionen ägde rum strax väster om Panama City, på den panamerikanska motorväg som går från söder till norr genom Syd-, Central- och Nordamerika.
Flera reportrar och fotografer fanns på plats för att bevaka händelsen när mannen klev ur sin bil och sköt två av aktivisterna på nära håll.
De pågående protesterna är mot driften av ett stort dagbrott i ett artrikt djungelområde. Kanadensiska First Quantum Minerals fick nyligen tillstånd att utvinna koppar i ytterligare 20 år, med möjlighet att förlänga i 20 år till efter det.
Den gripne är identifierad som en 77-årig pensionerad advokat med medborgarskap i både USA och Panama.