Migranternas buss krockade med en minibuss i den västliga provinsen Chiriquí tidigt på onsdagsmorgonen. Ombord fanns 66 personer inräknat föraren och en assistent.
Enligt landets migrationschef Samira Gozaine är tre personer svårt skadade.
Lokala medier rapporterar att bussföraren hade kört förbi ett vandrarhem där migranterna skulle vila innan färden fortsatte mot grannlandet Costa Rica. Olyckan inträffade när bussen höll på att vända tillbaka.