Diego beräknas vara far till 40 procent av de omkring 2 000 jättesköldpaddor som kläckts i ett avelsprogram som bedrivits på Santa Cruz, en av Galápagosöarna utanför Ecuador.
I måndags återfördes han med båt till den obebodda ön Española, där han en gång såg dagens ljus.
"Vi avslutar ett viktigt kapitel i skötseln av Galápagos nationalpark", twittrar Ecuadors miljöminister Paulo Proaño Andrade.
"15 sköldpaddor från Española, inklusive Diego, har återvänt hem efter att under decennier har parat sig i fångeskap och räddat sin art från utrotning. Deras ö välkomnar dem med öppna armar", tillägger ministern.
Karantän
Innan sin avskedsfärd fick Diego och de andra jättesköldpaddorna sitta en tid i karantän för att säkerställa att de inte för med sig några frön från växter som inte finns naturligt på Española.
Det var för runt 50 år sedan som det upptäcktes att det endast fanns två hanar och tolv honor kvar av arten Chelonoidis hoodensis på Española. Det var då Diego kallades in, från San Diego Zoo i Kalifornien, för att delta i avelsprogrammet.
Många år
Den nu 80 kilo tunga, 90 centimeter långa och en och en halv meter höga (om han sträcker på nacken) jättesköldpaddan tros ursprungligen ha förts från Española vid en vetenskaplig expedition någon gång under 1900-talets första hälft. Han antas vara minst 100 år gammal.
Med hälsan i behåll kan Diego få många år i frihet på sin hemö.
En annan berömd jättesköldpadda från Galápagos – Harriet, som sägs ha infångats under samma tid som Charles Darwin gjorde sin legendariska resa i trakterna ombord fartyget Beagle – var 176 år när hon gick bort 2006.