Organisationen har presenterat bevis för detta för president Dina Boluarte.
Omkring 50 personer har mist livet i sammandrabbningar mellan säkerhetsstyrkor och demonstranter sedan i början av december då den förre presidenten Pedro Castillo avsattes och greps.
Demonstranterna kräver bland annat att Boluartes avgår, att parlamentet upplöses, nyval och en ny konstitution.
Amnesty Internationals Amerikachef Erika Guevara Rosas säger att bevisen bygger på information som man fått av myndigheterna och att minst 46 fall av människorättskränkningar har registrerats.
Enligt uppgift ska president Boluarte upprepade gånger sagt att hon aldrig gett order om dödligt våld för att kontrollera demonstranterna.
Efter att ha kulminerat i januari har protesterna tystnat under den senaste veckan.